La sede central de la FOP está en Santander, donde residen las áreas administrativa y contable, y en la que se centraliza el trabajo del equipo directivo y técnico, organizado a través de las áreas educativa y de proyectos.

La FOP cuenta también con otras dos oficinas, una en Pola de Somiedo (Asturias) -cedida por el Ayuntamiento y sede de la FOP en Asturias- y otra en Verdeña (Palencia), que dan soporte a las patrullas que operan en esos territorios y a las actividades educativas e interpretativas. A éstas habría que sumar las oficinas de Villablino (León) y Cangas del Narcea (Asturias) -la primera cedida por el Ayuntamiento y la segunda compartida con la Sociedad de Cazadores local-, donde radican las sedes de las patrullas de estas zonas.